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Para la detección y recuento de hongos en los alimentos se puede emplear los métodos de plaqueado por dilución y plaqueado directo. El método de plaqueado directo es más eficiente para detectar especies de mohos individuales, incluyendo la mayor parte de los productores de toxinas, pero es menos efectivo para detectar levaduras. También se usa para determinar si la presencia de mohos se debe a contaminación externa o invasión interna.Luego del recuento se procede al aislamiento de todos los tipos morfológicos de hongos que crecen en la placa. Se siembran los crecimientos visibles aislados en tubos o placas de agar y se realiza la identificación por el estudio de la morfología, tanto macroscópica como microscópica.
Recuento de mohos en productos de tomate y frutas.
En el método de Howard, la presencia de mohos se determina examinando una cantidad de campos al microscopio usando una cámara de recuento especial. Se considera un campo positivo al que contiene uno o más filamentos de mohos que exceden cierta longitud. Esta técnica fue desarrollada inicialmente en 1922 para pastas de tomates que se utilizan en la elaboración de kétchup, pero la FDA la ha normado para una variedad de productos de fruta, incluyendo pulpa y puré de manzana, purés y néctares de durazno, damasco y pera; berries congelados y en conserva; jugo de naranja y limón envasado; salsa de arándanos y productos de piña.
Para purés y pastas de tomate, la muestra se diluye con agua hasta un contenido de sólidos totales entre 8,37 y 9,37.