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4.) Deducción de la sustancia pensante
Tras establecer el punto de partida del método, Descartes realiza la primera deducción, la más evidente. Esta deducción se realiza de 2 maneras: positiva y negativa.
De forma positiva, en cuanto que el pensar implica la existencia del yo; y el fingir es una forma de pensar, pues fingir no es sino imaginar algo distinto de lo que es, en este caso, que no tengo cuerpo o no hay mundo. De forma negativa, si no hay pensamiento, es imposible afirmar la existencia del yo. No se puede pasar de la existencia del mundo a la existencia de Dios, es un camino inválido para el conocimiento.

Resulta extraña la suposición cartesiana de que el alma puede pensar sin el cuerpo. Nosotros creemos que, si no hay cerebro, la mente no puede funcionar. ¿Por qué dice eso Descartes? Porque del cuerpo, cuando está en estado de equilibrio, no tenemos consciencia. Solo tenemos consciencia cuando hay desequilibrio y, en consecuencia, hay dolor, hambre…

A continuación Descartes define el yo o el alma como una sustancia cuya atributo es el pensamiento. El alma se define como sustancia pensante. Aquí se nos muestra el Descartes tradicional, metafísico. No le basta con deducir el yo a partir de la mente, sino que necesita demostrar que el yo, el alma es una realidad en sí, existe en la realidad. Por eso la define como sustancia.

Por ultimo Descartes establece una distinción entre alma y cuerpo. Es el dualismo antropológico. Alma y cuerpo son sustancias enteramente distintas con dos atributos esencialmente diferentes: el alma, el pensamiento, y el cuerpo, la extensión. Las razones que manifiesta Descartes son la mayor facilidad de conocimiento del alma y su independencia respecto al cuerpo.