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La duda metódica es la duda practicada como método, un método o procedimiento que consiste en dudar de todo aquello que se pueda dudar y tratar provisionalmente como falso todo aquello de lo que se duda.

La duda viene exigida por la primera regla: considerar como verdadero lo indudable.

La duda cartesiana tiene las siguientes carácterísticas:

1º) Es universal, se aplica a todo aquello que pueda ser dudado.

2º) Es metódica, no es real como la duda del escéptico, sino un método para buscar la certeza.

3º) Es provisional una determinada proposición que en un momento puede ser objeto de duda, puede ser posteriormente probada como cierta.

4º) Es teórica, en el sentido de que no se extiende a la conducta. En la conducta a menudo estamos obligados a seguir opiniones poco probables.

A) La duda tiene en primer lugar una función negativa, sirve para poner entre paréntesis todos los conocimientos

B) La duda tiene además la funsion positiva de ser un paso obligado en la búsqueda de la certeza absoluta

1º. El primer motivo de duda son las falacias de los sentidos. Los sentidos nos engañan algunas veces, luego no es ilógico pensar que nos puedan engañar siempre.

Por este motivo es posible dudar de que las cosas que percibimos sean como las percibimos.

2º. El segundo motivo de duda es la imposibilidad de distinguir la vigilia del sueño. 

Este segundo motivo hace dudar no sólo de que las cosas sean como las percibimos, sino incluso de que existan tales cosas.

3º. El tercer motivo para dudar es la hipótesis del Deus deceptor. Dios puede haberme creado con una naturaleza que sea tal que me engañe aun cuando esté cierto.

Este motivo es sustituido por la hipótesis del genio maligno. Tal vez exista un genio maligno sumamente poderoso y astuto que pone toda su habilidad en engañarme.

No alcanza la universalidad y radicalidad de las Meditaciones.

1º. No podemos fiarnos de nuestros conocimientos sensibles.

2º. Tampoco merecen confianza nuestros conocimientos racionales más simples de matemáticas, dado que hay hombres que se equivocan, yo también podría equivocarme.

3º. Ningún conocimientos merece confianza porque somos incapaces de distinguir entre el sueño y la vigilia.

En realidad, las verdades referente a las matemáticasno son afectadas por este motivo.