Protocolos de Laboratorio: Exploración Genómica, Bioinformática y Extracción Plasmidial

Exploración del Genoma Humano en NCBI

Este procedimiento detalla los pasos para explorar y obtener información sobre el genoma humano utilizando la base de datos del NCBI.

1. Ingresar a la página principal del NCBI: www.ncbi.nlm.nih.gov/
2. Revisar detenidamente las diferentes opciones de acceso disponibles en la página.
3. Acceder a la sección Human Genome Resources.
4. Revisar brevemente los accesos que muestra la página del genoma humano. Se observará el juego de cromosomas humanos: 22 cromosomas somáticos y los dos cromosomas sexuales X e Y.
5. Seleccionar un cromosoma de interés y acceder a él (por ejemplo, el cromosoma Y).
6. Identificar el tamaño de la secuencia nucleotídica del cromosoma y acceder a una secuencia mediante los códigos identificados por "Hs" seguido de un número en letras azules (ejemplo: Hs. 99120).
7. Identificar el gen seleccionado y los organismos que muestran genes similares.
8. Identificar los tipos de tejidos donde se expresa el gen.
9. Reconocer la ubicación del gen.
10. Acceder a la secuencia del gen mediante los accesos que se muestran en mRNA sequences. Acceder mediante los números que aparecen de color azul.
11. Revisar la información de la secuencia y acceder a la secuencia depositada en el GenBank. Observar que existen accesos a secuencias similares presentes en otros organismos.
12. Identificar un archivo del GenBank.
13. Reconocer la secuencia aminoacídica de la proteína codificada por el gen.
14. Reconocer la secuencia nucleotídica del gen seleccionado.
15. Luego, acceder a la ventana que se muestra a la derecha de la página principal del genoma humano, donde se indica DOWNLOAD/VIEW SEQUENCE/EVIDENCE.
16. Acceder a una secuencia mediante la opción DISPLAY. Se mostrará la secuencia nucleotídica. Se puede acceder al archivo del GenBank mediante el acceso indicado con el código de color azul. Acceder a la secuencia nucleotídica completa.

Bioinformática: Identificación y Caracterización de Secuencias

Este procedimiento describe cómo utilizar herramientas bioinformáticas del NCBI, incluyendo ORFfinder y BLAST, para identificar y caracterizar secuencias nucleotídicas y proteicas.

1. Ingresar a la página principal del NCBI: www.ncbi.nlm.nih.gov/
2. En la ventana SEARCH, seleccionar "Nucleótido" y en el campo FOR, ingresar el código AF533655 en la ventana adyacente de búsqueda. Hacer clic en GO.
3. Se obtendrá un archivo de la base de datos con el identificador AF533655.
4. Acceder al archivo haciendo clic en el número indicado con letras azules.
5. Revisar la información del archivo y copiar la secuencia nucleotídica indicada en la parte inferior con el nombre ORIGEN.
6. Abrir un documento de Word y pegar la secuencia nucleotídica en él. Dar formato a la secuencia con fuente Courier New, tamaño 9.
7. Eliminar los números y asignar a la secuencia un nombre en formato FASTA.
8. Abrir la página del programa ORFfinder, indicada en la parte derecha de la página principal del NCBI.
9. Copiar la secuencia del archivo de Word y pegarla en la ventana del programa ORFfinder. Luego, hacer clic en OrfFind.
10. Analizar la información y verificar los marcos de lectura abierta (ORF) de mayor tamaño.
11. Hacer clic en uno de ellos y verificar la secuencia aminoacídica.
12. Comparar la secuencia haciendo clic directamente en la ventana superior que indica BLAST.
13. Analizar la página resultante y hacer clic en FORMAT.
14. Analizar la lista de proteínas similares a la secuencia problema.
15. Indicar la posible función del ORF ensayado.

Extracción Plasmidial: Precauciones y Componentes

Este apartado describe las precauciones de seguridad y los componentes esenciales para un procedimiento de extracción plasmidial.

Precauciones de Seguridad

• Usar guantes descartables cuando se manipule este producto.
• Evitar todo contacto de la piel con los reactivos de este kit.
• En caso de contacto, lavarse inmediatamente con abundante agua.

Descripción de los Componentes del Kit

• Solución 1 (Suspensión Celular): Tris, EDTA, RNase A.
• Solución 2 (Lisis Celular): SDS/NaOH.
• Solución 3 (Neutralización): Acetato de potasio.
• Solución 4 (Lavado): EtOH, Tris, NaCl.
• Solución 5 (Tampón de Elución): Tris-HCl.

Materiales y Equipo Requerido

• Columna de filtración.
• Tubos de 2.0 ml.
• Tubos de microcentrífuga de 2.0 ml.
• Microcentrífuga (todos los pasos se realizan a 14,000 rpm).
• Micropipetas.