Fundamentos de Librerías Génicas y Mapeo del Genoma
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Librerías Génicas
Librería genómica: Consiste en el DNA cromosómico completo de un organismo, el cual ha sido introducido en vectores (clones). Permite el estudio de la secuencia de los genes.
Librería de cDNA: Consiste en la representación del mRNA incluida en vectores, de una célula o tejido en un preciso momento. Permite el estudio de la secuencia de los transcritos o RNA (expresión de los genes).
Genómica: Mapas Genéticos y Físicos del Genoma
- Genómica: Conjunto de estrategias y tecnologías empleadas para la caracterización molecular del genoma.
- Genómica estructural: Estudio de las técnicas y estrategias necesarias para obtener tanto los mapas físicos (a distinta resolución) como los genéticos. Se incluye el Proyecto Genoma Humano.
- Genómica funcional: Corresponde a la caracterización del proteoma, es decir, el conjunto de todas las proteínas originadas por el genoma. En definitiva, corresponde al estudio funcional del DNA codificante.
Tipos de Mapas y Secuenciación
Mapa genético o de ligamiento: Proporciona la menor resolución. Sitúa de forma aproximada en los cromosomas diversos loci (de genes y de otros marcadores o secuencias identificables). El cálculo de la distancia y, por tanto, la ubicación relativa de genes o marcadores, se basa en la frecuencia con la que los pares de loci se transmiten conjuntamente a la descendencia.
Mapa físico: Asigna localizaciones a los marcadores, definidas por distancias en pares de bases. Destacan entre sus variantes los mapas de restricción (ordenación en el cromosoma de los sitios de restricción para distintas enzimas).
Secuenciación: Equivale a la obtención del mapa genómico en su nivel más detallado. Su objetivo es establecer la secuencia nucleotídica completa del genoma humano. Se lleva a cabo en paralelo y con el apoyo de la información proporcionada por los mapeos genético y físico.
PCR Cuantitativo: PCR en Tiempo Real (qRT-PCR)
- Derivación de la PCR, ocupando un sistema altamente sensible que permite la cuantificación del amplificado. Esto permite determinar la cantidad absoluta o relativa del templado inicial.
- Sistemas de detección: por SYBR-green y sondas internas asociadas a fluoróforos. La fluorescencia es detectada por un Light Cycler.
- Permite cuantificar DNA genómico (ej. viral) y cDNA (expresión génica).